Potrebbe colpire il visitatore la mancanza assoluta di vetrate istoriate. Tuttavia, la Chiesa non ne è sempre stata sprovvista. In base ai testi di Vasari, le prime vetrate istoriate documentate risalgono al quindicesimo secolo ad opera di Fabiano Sassuoli su disegno di Lazzaro Vasari. ‘’In una, è una nostra donna molto bella, e nell’altra (la quale è di gran lunga migliore) è una resurrezione di Cristo, che ha dinnanzi al sepolcro un armato in iscorto, che per essere la finestra piccola, e per conseguente la pittura, è meraviglia che in sì poco spazio possano apparire quelle finestre così grandi’’ (G.Vasari).

  Purtroppo tali vetrate non esistono più, forse demolite in occasione di un restauro o, più verosimilmente, distrutte da un violento temporale, come quello riportato nelle cronache del convento del 1762.

  La Chiesa rimase sprovvista di vetrate fino ai primi del Ventesimo secolo. Con i restauri effettuati dal noto Architetto G. Castellucci, furono collocate nelle finestre dell’abside e nel rosone di facciata vetrate istoriate opera della ditta De Matteis di Firenze. Successivamente, nel 1927, altre quattro finestre dipinte furono montate nella navata della Chiesa. Nel 1943, dopo il primo bombardamento aereo su Arezzo, la sovrintendenza ai monumenti di Firenze, tenuto conto dell’interesse artistico delle vetrate, le fece presumibilmente smontare e portare a Firenze insieme a molte altre opere, momento dal quale se ne è persa ogni traccia.